Как правильно установить права на файлы и папки?

Для обеспечения безопасной работы сайтов, на серверах задействована технология SuPHP, благодаря которой PHP работает не как модуль веб сервера Apache, а как самостоятельный декриптор. 

Система определяет расположение исполняемого скрипта PHP и выполняет его не от имени Nobody (неизвестный), а исключительно от имени пользователя. 
Это позволяет в случае взлома сайта избежать возможного проникновения атаки в другие субдиректории, защищая остальных пользователей хостинга и, 
собственно, сам сервер от исполнения нежелательных команд.

В связи с этим есть особые требования к разрешениям (CHMOD) на файлы и папки. Сервер не будет отвечать на запрос к файлу, если его права выше чем 644 и не будет разрешать доступ к папке, если на неё установлены права выше чем 755. 

Если Вы не нуждаетесь в постоянном изменении файла, рекомендуется установить на него права 444, запрещающие запись в файл. 
Если же файл может динамически изменяться, следует установить на него права 644. Относительно папок, рекомендуется использовать права 755 - это позволит не только читать файлы, размещённые в папке, но и производить в неё запись, как ранее было с правами 777.

Если права на файл установлены 664, 646 или 666, веб сервер откажется отвечать на запросы к этому файлу и выдаст страницу ошибки. 
То же самое касается папок с правами 775, 757 или 777.
Обычно это 500 Ошибка Internal Server Error.